퀄컴은 온디바이스 사용자 데이터를 보호하기 위해 스냅드래곤 888에 많은 보안 조치를 마련했다. 스냅드래곤 888에는 퀄컴 보안 프로세싱 유닛, 퀄컴 TEE(Trusted Execution Environment), 퀄컴 무선 엣지 서비스 등이 적용됐다. 무선 엣지 서비스는 기기와 무선연결의 보안을 실시간으로 측정하는 클라우드 서비스다. 

신형 타입1 하이퍼바이저 기능도 특징이다. 동일한 기기에서 앱과 여러 운영체제 간의 데이터를 보호하고, 격리하는 기술이다. 퀄컴은 트루픽과 협업을 진행했다. 이를 통해 개방형 콘텐츠 진위 이니셔티브를 준수하면서 암호화된 사진을 캡처할 수 있는 기능을 제공한다.